侵权投诉

当前位置:

OFweek仪器仪表网

通用分析仪器

正文

近期《自然》期刊系列中发挥关键作用的赛默飞质谱仪

导读: 在一级科学刊物Nature和Nature Methods上有14篇科研论文使用赛默飞世尔LTQ-Orbitrap或TSQ质谱仪产生数据,下面请小编带您概览一下这些文献及其创新之处,作为对2012新年的献礼,希望对您的研究工作有所启发,也希望您的工作可以更快地更多地发表在这些top journal上。

  在2011年10-11月其间,在一级科学刊物Nature和Nature Methods上有14篇科研论文使用赛默飞世尔LTQ-Orbitrap或TSQ质谱仪产生数据,其中有9篇使用了Orbitrap静电场轨道阱质谱仪。14篇文章涉及的赛默飞质谱仪从高灵敏度的定量质谱TSQ Vantage三重四极杆质谱仪,到经典的双压线性离子阱质谱仪 LTQ Velos,再到一系列超高分辨率、超高精确质量数的傅立叶变换质谱仪,包括:LTQ Orbitrap XL, LTQ Orbitrap Velos, LTQ FT ,以及新的旗舰产品——分辨率高达24万的Orbitrap Elite。这些质谱仪在上述文章的研究中发挥了关键的作用。

  这些文章聚焦的主题包括:发现研究,目标物定量(Stergachis et al.),首次成功的大规模自上而下的(top-down)蛋白质组研究(Tran et al.),同位素标签方法的精度(Ting等和Wenger等),提高糖蛋白质组的鉴定产率(Steentoft等)。

  在《自然》期刊上发表文章是非常著名的,这些文章往往是被高引用的文章,这可能会导致促销、基金资助等,并得到主流媒体的关注。在现代历史上多次最重大的科学突破都被首次刊登在《自然》上。大多数期刊往往是专门化的,而《自然》往往跨越不同领域,因此其审核的标准是非常严格的。《自然》的确是排名第一的期刊,从事研究的科学家们是该期刊的主要读者,而它的摘要和伴随摘要的文章往往是最重要的文献,并可被其它领域的科学家们和受过教育的广大公众很好地理解。

  下面我们就来一睹为快:

  1、Rapid empirical discovery of optimal peptides for targeted proteomics

  基于实验快速发现适合用于目标蛋白质组学定量的最佳肽段

  A.B. Stergachis, B. MacLean, K. Lee, J. A. Stamatoyannopoulos & M. J. MacCoss

  Nature Methods 2011 Nov 6. doi: 10.1038/nmeth.1770. [Epub ahead of print]

  Received 07 July 2011 Accepted 11 October 2011 Published online 06 November 2011

  问题:如何选择最优化的酶解肽段,既可以容易地被质谱检测,又具有目标蛋白质定量需要的特征碎裂方式

  仪器:TSQ Vantage三重四极杆质谱仪,LTQ Velos双压线性离子阱质谱仪

  解决方法:作者报道了一种可规模化、经济的方法,基于实验基础来产生合适的且具有好的碎裂方式的酶解肽段。比起依靠不完善的谱图数据库、理论预测算法、合成肽段,或购买全序列蛋白质,作者收集标签cDNA克隆体来体外合成全序列蛋白质,再用trypsin酶解和MS进行SRM分析。

  选择的或可供选择的赛默飞产品:体外合成全序列蛋白质采用Thermo Scientific旗下品牌Pierce的人类体外蛋白质表达kit。用于绝对定量的重标肽段购于Thermo。SRM方法建立由Skyline软件完成但也可以用Thermo的Pinpoint软件完成。用Q Exactive也可以,和该文中TSQ Vantage一样,进行方法建立和重组蛋白分析。

  2、MS3 eliminates ratio distortion in isobaric multiplexed quantitative proteomics

  MS3减少同位素标记定量蛋白质组学实验中的比率失真

  L. Ting, R. Rad, S. P. Gygi & W. Haas

  Nature Methods 8, 937–940 (2011)

  问题:同位素标记实验中,选择用来碎裂的母离子会影响数据的准确度和精确度,目标离子附近的同位素离子峰会被同时选择和碎裂,影响报告离子强度的准确性。

  仪器:LTQ Orbitrap Velos

  解决方法:作者选择MS3代替MS2来进行定量和鉴定,从而消除MS2中被选择的母离子被具有相似m/z值得离子干扰。

 

1  2  3  4  5  下一页>  
声明: 本文由入驻OFweek公众平台的作者撰写,观点仅代表作者本人,不代表OFweek立场。如有侵权或其他问题,请联系举报。

我来说两句

(共0条评论,0人参与)

请输入评论

请输入评论/评论长度6~500个字

您提交的评论过于频繁,请输入验证码继续

暂无评论

暂无评论

文章纠错
x
*文字标题:
*纠错内容:
联系邮箱:
*验 证 码: