实验室质谱新方法有望商业化

　　2012年1月13日，瑞士蛋白质组学公司Biognosys和瑞士苏黎世联邦工学院研究员Reudi Aebersold博士，从瑞士技术创新委员会（CTI）获得了150万瑞士法郎（157万美元），该款项用于支持超级反应监测质谱（HRM-MS）技术的市场化。

　　去年6月（2011年6月10日报道），Aebersold博士在美国质谱年会上介绍了一种新技术，这是一种基于数据-非依赖（data-independent）采集技术（SWATH）的蛋白质组学新技术。据Biognosys公司的一份声明称，这种新技术“可以同时测定一个样品中成千上万的已知和未知的蛋白质，并在随后提取蛋白质的全貌（profile）数据。”

　　Aebersold实验室在AB SCIEX 的TripleTOF 5600质谱仪上开发了SWATH方法，正如他在ASMS会议上接受ProteoMonitor采访时所说，TripleTOF 5600是市场上性能足以运行该技术的唯一的一款Q-TOF仪器。

　　“我们需要非常高的灵敏度、宽动态范围、和快速扫描能力”，他说，“这些性能之间关系复杂，当你调整其中某项时会影响其它性能。现在，TripleTOF 5600提供了这些性能的最佳组合。”

　　同选择反应监测质谱法（SRM-MS）一样， SWATH也是在特定的母离子窗口下来检测目标的碎片，期望该窗口中出现感兴趣的肽；然后观测碎片离子的水平，从而对感兴趣的肽进行定性和定量。

　　差别是，据Aebersold所述，由于TripleTOF 5600质谱仪的速度特别快，SWATH可以选择一个25 amu的宽母离子窗口，并把所有的母离子质量范围划分成分段的25 amu宽的窗口，就可以“采集液相流出的所有组分的碎片”。

　　然后，使用Aebersold和系统生物研究所的Rob Moritz领导开发的SRMAtlas软件，研究者们可通过搜索，将质谱采集的碎片离子谱图和SRMAtlas的参考谱库进行比对，从而鉴定多肽。

　　采用独特的搜索策略非常必要，Aebersold说，因为通过该技术产生的大碎片离子的谱图，会“呛（choke）”住一个典型的搜索引擎。

　　“因此我们使用SRM谱库，在这些组分谱里选择和发现特定的对目标肽响应的模式”，他说，“和用序列数据库搜索不同，我们不试图解释每张谱；我们只是想发现那些模式，能告诉我们一个特定的肽是否出现，如果出现的话这个肽的含量是多少。”

　　去年7月（2011年7月22日PM报道），Aebersold说他初步使用该技术的研究显示，SWATH法能在复杂样本中鉴定超过4个数据量动态范围的蛋白，其定量的性能与SRM-MS相当。

　　“在检测灵敏度方面，SWATH技术可能比SRM低3-4倍，但它正在接近于SRM的性能，”他说。

　　2008年，Biognosys公司从瑞士联邦工学院独立。2011年11月它在首轮融资中获得270万瑞士法郎（300万美元）（2011年11月4日报道）。其网站显示的客户包括诺华、辉瑞、Integrated Diagnostics和飞利浦。