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沃特世糖肽鉴定PLGS、BiopharmaLynx解决方案

导读: 糖链的糖型结构、糖基化修饰的氨基酸位点、以及两者间的对应关系。这些信息都集中于糖肽结构中。沃特世的PLGS与BiopharmaLynxTM软件具有独特的糖肽鉴定功能,其主要分析流程如下。

  糖基化蛋白质参与了几乎所有重要的生命过程,糖链的组成和结构对糖基化蛋白质的构象、功能以及与其它分子的相互作用都具有巨大的影响。许多蛋白类药物都是糖基化蛋白质,如免疫球蛋白IgG等。蛋白糖基化一级结构的研究内容包括:糖链的糖型结构、糖基化修饰的氨基酸位点、以及两者间的对应关系。这些信息都集中于糖肽结构中。沃特世的PLGS与BiopharmaLynxTM软件具有独特的糖肽鉴定功能,其主要分析流程如下。

  1、建立Y1离子理论数据库:蛋白糖基化主要有N-与O-糖基化。N-糖基化是糖链与天冬氨酸(N)连接,O-糖基化是糖链与丝氨酸(S)或苏氨酸(T) 连接。在质谱的CID碎裂中,糖苷键较肽键更容易断裂。而在N-、O-糖基化中,第一个与氨基酸连接的都是N-乙酰氨基葡萄糖(GlcNAc)。因此在糖肽的碎片中,peptide-GlcNAc的离子信号稳定存在(及Y1离子)。PLGS与BiopharmaLynx进行糖肽搜索的第一步就是建立理论Y1离子数据库。

  2、发现候选Y1离子信号:在数据库建立之后,根据质量准确度,对Y1离子质谱数据库进行搜索,从而发现候选Y1离子信号。

  3、在候选Y1离子的相关碎片信息中,查找糖诊断离子。如果找到至少2个糖诊断离子,则确定其为糖肽,进而进行下一步处理。糖诊断离子来源于糖链中最常见的糖残基型的碎片,这里主要考虑7种糖诊断离子:204.0817、186.0817、168.0817、274.0187、292.0817、366.1012、657.1111。

  4、搜索其它候选糖型信息及多肽序列鉴定。在Y1离子的质量检索匹配的基础上,搜索可能的糖单位差值数据,以发现Y1离子的各种糖型结构。之后再根据肽段的b、y离子碎片等信息进行肽段序列鉴定,以及糖基化位点确定。PLGS、BiopharmaLynx对糖肽的鉴定功能,为分析蛋白类药物复杂的糖型结构提供了非常简便的方式,已经成为糖蛋白药物分析中不可或缺的有力工具。

 糖肽鉴定流程图

图1. 糖肽鉴定流程图

 IgG糖肽EEQYNSTYR碎片分析图

图2. IgG糖肽EEQYNSTYR碎片分析图

  PLGS、BiopharmaLynx对糖肽的鉴定功能,为分析蛋白类药物复杂的糖型结构提供了非常简便的方式,已经成为糖蛋白药物分析中不可或缺的有力工具。

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