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安捷伦科技生物信息学套装新增整合生物学分析功能

导读: 安捷伦科技公司发布了其广受欢迎的生物信息学软件的重要扩展版本 GeneSpring 12.0,该软件的推出使医学研究水平达到一个新的高度。

  2012 年 3 月 27 日,加利福尼亚州圣克拉拉市——安捷伦科技公司(纽约证交所:A)今日发布了其广受欢迎的生物信息学软件的重要扩展版本 GeneSpring 12.0,该软件的推出使医学研究水平达到一个新的高度。使用新版 GeneSpring,用户可以在熟悉的软件环境中分析新一代测序数据,并可以在通路水平进行跨多组学平台数据的联合分析。

  这些新功能是在GeneSpring 之前已有的转录组学、基因组学、代谢组学和蛋白组学的数据分析模块上的进一步扩展。

  安捷伦副总裁生物系统事业部总经理 Gustavo Salem 谈到:“随着GeneSpring 12.0 的发布,安捷伦再次实现了一直以来的承诺,提供先进的仪器和功能强大的软件,帮助系统生物学研究人员取得研究成果。GeneSpring 生物信息学软件套装集复杂分析、可视化和数据管理于一体,让新一代整合生物学研究成为现实。”

  从现在起到 8 月 17 日截止,所有客户均可免费测试集成了新型通路构建模块(Pathway Architect module)的 GeneSpring 12.0 。

  GeneSpring 12.0还包含可以用于新一代测序数据分析的 NGS 模块。NGS 模块经过设计和测试,可与安捷伦 SureSelect 靶向序列捕获平台联用,也可用于不采用靶向序列捕获的新一代测序实验。质量控制(QC)管理工具是 NGS 模块的一个重要组成部分,为研究人员提供了针对靶向序列捕获结果图形化、测序碱基质量、序列比对以及拼接等环节质量控制的工具。GeneSpring NGS 模块中的 DNA-SEQ 工作流程,包括可以用于已知和未知变体鉴定和特征图谱分析、SNP标注、SNP 效应预测、结构变异检测的工具。RNA-SEQ 工作流程,则支持在绝对和相对空间进行 mRNA 特征图谱分析,可以实现基因和剪切变异体的检测和差异表达分析。该工作流程包括用于新基因和外显子检测、基因融合分析以及复杂的统计和通路分析的工具。

  安捷伦的全新生物信息学软件GeneSpring 12.0,能够帮助对新一代测序生物信息学没有经验的的生物学家,通过工作流程向导轻松实现测序数据的管理和分析。生物信息学中心也可以使用该软件,简化数据的分组、分类和研究过程。GeneSpring 12.0 还可以结合安捷伦免费的 eArray portal 使用,用户通过简便易用的界面就可以完成定制实验。

  整合来自不同组学技术的数据是系统生物学研究的重要组成部分,涉及在相同或非常相近的生物样品中检测不同生物学组分的丰度。研究人员可使用 GeneSpring 通路构建模块对几乎所有的生物学组分进行通路水平的联合分析。这些生物学组分包括转录本、剪切变异体、变异分析得出的受影响基因组合、代谢物以及蛋白质。

  GeneSpring 通路构建模块,能够帮助科学家观察和分析人工注释的通路内容。该功能通过WikiPathways公众数据库,来完善建立、注释和查询生物通路方面的信息。用户还可以通过连接另一个公众数据库 BridgeDB ,实现在多个公开和专有注释数据库中进行生物标记物的比对分析。任何单组学实验的原始数据都可以合并到多组学实验当中,通过联合分析,找出在许多生物学过程中均涉及的具备显著统计学意义的通路,例如信号传导、疾病恶化或毒性等。

  GeneSpring 12.0 的定制化功能现已支持 Jython 和 R 编程语言。通过嵌入式脚本编辑器,生物信息学科学家可在 GeneSpring 12.0 的编程框架中编写、执行和保存自己的算法和工作流程。

  GeneSpring 12.0 由安捷伦与 Strand Scientific Intelligence 公司联合研发,基于 Strand 的 Avadis技术平台,该平台专门为科学家简化和应对复杂的生命科学挑战而设计。

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