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借助Illumina测序平台开启微生物检测新领域

导读: Trace Genomics公司称已获400万美元的种子投资,将开始启动第一项检测服务。其内容为对12种会导致莴苣、草莓等作物生病的土源性病原体进行检测分析。

  OFweek仪器仪表网讯:Trace Genomics公司称已获400万美元的种子投资,将开始启动第一项检测服务。其内容为对12种会导致莴苣、草莓等作物生病的土源性病原体进行检测分析。

  Trace Genomics介绍

  Trace Genomics公司是一家专门针对土壤微生物检测的公司,其最初的目标是服务加利福利亚州中央谷的种植者,但后面发现这些检测也能为更多的人所用。除了种植者,一些与种植者的工作相关的跨国企业集团,比如可口可乐,对公司的检测服务也非常感兴趣。

  Trace Genomics公司使用Illumina公司的NGS技术,不过它真正的优势在于其在分子生物学,样本准备,定量以及生物信息学方面获得的专利技术,这些专利技术使得他们不仅仅是一个测序外包服务公司。

  公司总部位于旧金山,目前有8名全职员工,但它正迅速成长。

  检测项目介绍

  第一批开展的检测包含12种病原体,这些病原体会导致莴苣和草莓患上疾病。目前该检测售价199美元,需要2到3周出检测结果。

  目前,大部分的土壤检测实验室都是依赖基于培养法及PCR法去检测病原体。但是这要求必须成功培养这些病原体,但是很多病原体是无法成功培养的。而使用NGS的优势在于可以发现未知病原体以及同时检测多种病原体。

  然而,土壤是一个非常富挑战性的检测物质,它含有太多的化学物质会抑制测序反应。因此,分离细胞以及基因组物质提取的技术显得非常重要。关于该技术,公司称,正在与相关学术机构合作验证,验证后会将成果发表。

  虽然目前提供给客户的数据只针对这12种病原体。但是公司的目标是全球范围内价值40亿美元的农作物检测市场。测序除了针对一些已知的物种,其还具有广泛性的特征。公司对细菌的检测也不局限在那些病原菌上,同时那些对植物生长有益的菌株也在检测范围内。公司一直致力发展期分子生物学技术,为有益微生物的检测提供行之有效的方法。

责任编辑:nick
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