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实验室质谱新方法有望商业化

导读: 2012年1月13日,瑞士蛋白质组学公司Biognosys和瑞士苏黎世联邦工学院研究员Reudi Aebersold博士,从瑞士技术创新委员会(CTI)获得了150万瑞士法郎(157万美元),该款项用于支持超级反应监测质谱(HRM-MS)技术的市场化。

  2012年1月13日,瑞士蛋白质组学公司Biognosys和瑞士苏黎世联邦工学院研究员Reudi Aebersold博士,从瑞士技术创新委员会(CTI)获得了150万瑞士法郎(157万美元),该款项用于支持超级反应监测质谱(HRM-MS)技术的市场化。

  去年6月(2011年6月10日报道),Aebersold博士在美国质谱年会上介绍了一种新技术,这是一种基于数据-非依赖(data-independent)采集技术(SWATH)的蛋白质组学新技术。据Biognosys公司的一份声明称,这种新技术“可以同时测定一个样品中成千上万的已知和未知的蛋白质,并在随后提取蛋白质的全貌(profile)数据。”

  Aebersold实验室在AB SCIEX 的TripleTOF 5600质谱仪上开发了SWATH方法,正如他在ASMS会议上接受ProteoMonitor采访时所说,TripleTOF 5600是市场上性能足以运行该技术的唯一的一款Q-TOF仪器

  “我们需要非常高的灵敏度、宽动态范围、和快速扫描能力”,他说,“这些性能之间关系复杂,当你调整其中某项时会影响其它性能。现在,TripleTOF 5600提供了这些性能的最佳组合。”

  同选择反应监测质谱法(SRM-MS)一样, SWATH也是在特定的母离子窗口下来检测目标的碎片,期望该窗口中出现感兴趣的肽;然后观测碎片离子的水平,从而对感兴趣的肽进行定性和定量。

  差别是,据Aebersold所述,由于TripleTOF 5600质谱仪的速度特别快,SWATH可以选择一个25 amu的宽母离子窗口,并把所有的母离子质量范围划分成分段的25 amu宽的窗口,就可以“采集液相流出的所有组分的碎片”。

  然后,使用Aebersold和系统生物研究所的Rob Moritz领导开发的SRMAtlas软件,研究者们可通过搜索,将质谱采集的碎片离子谱图和SRMAtlas的参考谱库进行比对,从而鉴定多肽。

  采用独特的搜索策略非常必要,Aebersold说,因为通过该技术产生的大碎片离子的谱图,会“呛(choke)”住一个典型的搜索引擎。

  “因此我们使用SRM谱库,在这些组分谱里选择和发现特定的对目标肽响应的模式”,他说,“和用序列数据库搜索不同,我们不试图解释每张谱;我们只是想发现那些模式,能告诉我们一个特定的肽是否出现,如果出现的话这个肽的含量是多少。”

  去年7月(2011年7月22日PM报道),Aebersold说他初步使用该技术的研究显示,SWATH法能在复杂样本中鉴定超过4个数据量动态范围的蛋白,其定量的性能与SRM-MS相当。

  “在检测灵敏度方面,SWATH技术可能比SRM低3-4倍,但它正在接近于SRM的性能,”他说。

  2008年,Biognosys公司从瑞士联邦工学院独立。2011年11月它在首轮融资中获得270万瑞士法郎(300万美元)(2011年11月4日报道)。其网站显示的客户包括诺华、辉瑞、Integrated Diagnostics和飞利浦。

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