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第二代高通量测序仪首次解析麻竹花转录组

2012-08-20 09:36
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  中国科学院昆明植物研究所郭振华研究组和李德铢研究组多年来致力于竹子的繁殖和开花机理研究。最近,利用高通量的Illumina GAII仪器测序平台,研究人员对木本竹种麻竹(Dendrocalamus latiflorus)不同发育时期的花组织进行了转录组测序。测序共产生了约96,000,000个reads,经de novo从头组装后共得到了146,395个高质量的unigene,平均长度为461 bp。经生物信息学比对,发现有80,418个unigene与公共数据库中已注释的序列同源;发现了分属于81个转录因子家族的基因。

  研究人员进一步运用plant-specific GO slims数据库和the Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes (KEGG) pathway数据库注释,发现了大量的具有特定功能的基因,如47个与花发育相关的基因,16个与授粉相关的基因,470个与压力响应相关的基因,429个与信号转导相关的基因以及25个与调控及表观遗传相关的基因等,以及重要的遗传通路,如戊糖和磷酸盐通路、苯丙氨酸代谢通路、类胡萝卜素合成通路、类黄酮合成通路、油菜素甾醇合成通路等。研究人员将测序所用的花组织划分为两个时期,时期1(花芽长度小于或等于5mm)和时期2(花芽长度大于5mm),发现了两个时期的转录组序列分布和功能的差异,这些差异与它们在两个不同发育时期所起的作用相符。此外,令人惊喜的是,本研究还发现了290个可能与开花时间控制相关的基因。

  该研究首次对竹子的花转录组进行了广泛而深入的剖析,产生的大量序列和功能数据为深入研究竹子开花和花发育过程中基因的表达和调控机理提供了重要的基础。

声明: 本文由入驻维科号的作者撰写,观点仅代表作者本人,不代表OFweek立场。如有侵权或其他问题,请联系举报。

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