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基因测序:资本蜂拥而入 是否已经过热?

2016-12-07 10:16
逆光飞舞
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  肿瘤本身是一种基因病,肿瘤细胞的基因在不断的发生突变,肿瘤组织是动态变化的,每个时期所检测出来的基因组可能都有发生变化,目前相关的知识和数据均处在摸索和积累阶段,仍然需要不断的临床实践和研究投入。

  关于肿瘤的NGS基因检测,目前主要有两类,一类是实体瘤的突变基因组panel测序,一类是外周血的ctDNA检测。ctDNA是液体活检的一部分,液体活检还包括CTC和外泌体的检测。

  开发实体瘤NGS panel的代表公司有Foundation Medicine(FMI),该公司的主要产品FoundationOne检测315个癌症相关基因的编码区和28个基因内含子的重排区,其检测方法2013年在Nature Biotechnology上发表。但正如MD-anderson癌症中心的病理专家指出,实体瘤NGS panel只是测量实体肿瘤的某一时刻的状态,而不能追踪到肿瘤发生的全过程,人体内肿瘤的状态是会随着时间不断变化的。如对于已经发生转移的癌症患者,如果仅仅取某个部位的癌组织,并不能反应患者的整体情况,但对所有癌组织都取样又不好操作。并且,实体瘤组织活检的相对滞后性对患者的治疗也不利。

▲FoundationOne的主要检测项目

  ctDNA的监测则只需要外周血标本,可以实时开展。外周血中的ctDNA的含量与肿瘤负荷及肿瘤进展相关,通过NGS对ctDNA进行定量分析,可以更早的发现肿瘤的变化。

▲ctDNA检测

  ctDNA另一个应用是肿瘤的早期筛查。最新的研究证明ctDNA在肿瘤早期已存在于外周血中,如果开发出高灵敏的检测方法,可以作为很好的先导指标,较影像学及其他检测更早的发现肿瘤的发生。

  另外,在肿瘤的治疗过程中,ctDNA也能较好的监测肿瘤的复发及状态变化,对残留的微病灶进行(MDR)进行监控。

  ctDNA的检测相对于实体瘤的NGS panel检测要求更高一些。较早进入ctDNA检测领域的代表公司如约翰霍普金斯大学创立的PGDx公司,该公司在2014年获得了无细胞DNA分析的许可,目前其在ctDNA领域有多项领先技术。

▲PGDx公司的ctDNA检测产品:PlasmaSELECT 64

  目前,Illumina、塞默飞、FMI等公司均在研发ctDNA检测。如Illumina公司在2015年投资4000万美元的Grail 公司,据FastCompany报道,近期有望完成一笔17亿美元的融资该公司计划,以在英国开展涉及50万人的大型ctDNA临床试验,目的正是为了划定正常人的ctDNA基线,从而开发设计出肿瘤早筛产品。

  行业里什么公司能够建立自己的竞争壁垒?

  实际上,基因测序服务并非大家通常所理解的仅仅是测序,这只是其中的一步。整个过程实际上包括:样本处理(提取、建库及捕获),上机测序,架构算法及数据处理,医学注释对应解读及问题解决。

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